Diskusia týkajúca sa GMO, zameraná na ovplyvnenie verejnej mienky, prebieha v rôznych rovinách a vzťahuje sa na rôzne aspekty problematiky. Protagonisti GMO sa snažia verejnosť presvedčiť o užitočnosti a neškodnosti poľnohospodárskych plodín získaných genetickou manipuláciou, zatiaľ čo odporcovia z pomedzi odborníkov ich argumenty spochybňujú. Jednou z tém, ktorá je predmetom debaty, je porovnanie klasického šľachtenia, využívaného v agrárnej praxi už tisícročia, s genetickou manipuláciou.
Zdá se, že dobré bakterie ve střevech můžou být zničeny každým kouskem jídla, které sníte. V tomto drží prvenství antibiotika, ale může zde být další viník – geneticky modifikované potraviny. S objevem plodin Monsanta odolných vůči Roundupu je ohroženo veřejné zdraví. Tyto geneticky modifikované plodiny jsou stvořené k tomu, aby byly odolné vůči velkým množstvím herbicidu Roundup. Glyfosát, účinná látka Roundupu, zůstává ve zbytkovém množství v těchto geneticky modifikovaných plodinách a způsobuje potenciální ohrožení veřejného zdraví.
